Elle demeura pendant 80 ans le siège de la dynastie de son fondateur, puis passa ensuite au pouvoir des Almoravides puis à celui des Almohades qui élevèrent une nouvelle fortification.
Après la destruction de la ville en 1271 par le Sultan Abou Yaacoub Elmarini (Mérinide), son fils Abou Youssef entreprit la relève en 1325, reconstruisant ainsi une casbah, un Palais, une Mosquée, des bains et enfin réussit à lui donner une certaine prospérité. La légende dit qu'elle est la ville de 360 portes qui s'étendait de l'ouest de Tairet aux rives d'Isly, avec une infinité de quartiers dont on retrouve toujours les restes.
Moulay Ismaïl, Grand Sultan alaouite, procéda à partir de 1673 à la restauration et l'organisation de la ville et sa région.
À travers son histoire, les péripéties qu'a connu Oujda, furent celles d'une ville frontalière passant d'un pouvoir à l'autre selon la fortune des armes (Oujda est située aux frontières de l'Algérie) et aussi ville relais sur la voie Sijilmassa-Orient.
Après qu'elle eut été occupée par la France le 24 mars 1907, Oujda, fidèle au Trône Alaouite, contribua efficacement à la lutte pour l'indépendance du Maroc.